Было бы неправдой сказать, что пациент во время проведения ЭНМГ совершенно не будет испытывать неприятных ощущений как, например, при УЗИ. Токовая стимуляция может быть достаточно болезненной и это зависит от различных факторов: уровня болевого порога пациента, его психоэмоционального состояния, силы и длительности электрического стимула, который, в свою очередь, зависит от участка тела, где проводится стимуляция. Неприятны, обычно, первые стимулы, затем психика и нервная система адаптируется, и исследование переносится легче. Некоторые пациенты вообще не испытывают боли, другие отмечают болезненность различной степени выраженности. Отмена обследования из-за плохой переносимости токовой стимуляции бывает крайне редко. Помимо описанных ощущений под токовым электродом, пациент испытывает безболезненное сокращение мышц, которое возникает в результате стимуляции.
При игольчатой ЭМГ пациент может испытывать болевые ощущения как от введения иглы, так и от её перемещения внутри мышцы. Степень болезненности также индивидуальна.